לאחר כעשרה חודשים מיום שנבחר מרן הרב עובדיה יוסף זצוק"ל לראשון לציון, פרצה המלחמה הקשה "מלחמת יום הכיפורים" בימי המלחמה העקובה מדם, נדד מרן ממוצב למוצב, והיה מעודד את החיילים ומחזק את רוחם לבל יפלו ברשת הייאוש. ואף הלך אל בתי החולים לבקר את הפצועים לעודדם ולברך אותם בברכת רפואה שלימה. לשם מטרה זו, הוקצה לו מסוק מיוחד, איתו טס ממקום למקום.
למרבה הצער, במשך המלחמה הקשה נפלו אלפים של חיילים יקרים, ולבד מהחיילים הרווקים שנרצחו ביד בני עוולה, נרצחו גם למעלה מ -960 חיילים נשואים, אשר השאירו את נשותיהם עגונות ללא אפשרות להינשא, כל עוד לא יוכח בוודאות כי בעליהם אינו בין החיים. הממשלה של אותם ימים פנתה אל מרן זיע"א, בבקשה שייטול על עצמו את המלאכה הקשה בהרת העגונות, דבר קשה עד מאוד, המצריך בדיקה יסודית לכל מקרה ומקרה. ואכן, מרן רבינו נטל על עצמו את המטלה הכבדה מנשוא, והקים בית דין מיוחד לשם כך. הוא החל לקבל עדויות של חיילים שהעידו על מותם של חבריהם היקרים להם, ופעמים רבות היה מרן רבינו פורץ בבכי, והיה מצטער צער רב על מותם של חיילים רבים מבני עמינו.
הוא לא שקט על השמרים והיה מסתובב במקומות בהם התקיימה המלחמה, בודק את הטנקים ההרוסים, ועשה חקירות מחקירות שונות, זמן רב עמל על התרת העגונות, עד שבסיום העבודה הקשה, התיר את כולם. אין זה דבר פשוט להתיר עגונה, הרגילים ללמוד בספרי הפוסקים בנושאים אלו, בוודאי יודעים על מקרים ממקרים שונים, בהם התירו רבנים גדולים כמה עגונות, והנה לאחר זמן חזר לו לפתע הבעל "ההרוג" דבר שאומר שהאישה התחתנה בעודה אשת איש, אשר הוא עוון חמור ביותר.
והנה, בסייעתא דשמיא מרובה, עשרות שנים עברו מאז התיר מרן זיע"א את מאות העגונות מחמת המלחמה, ועד לרגע זה לא שמענו על חייל אחד "הרוג" שחזר. אין זה כי מן השמים סייעו ביד מרן זיע"א לחתור לאמיתה של תורה.
בראיון לאחד העיתונים לפני שנים רבות אמר מרן: "ואז ישבנו כששה חודשים, ארבע חמש שעות בכל יום, היו כאלה שלא נשאר מהם זכר. עצמות, קצת אפר. היו צריכים לגבות עדות מפי חיילים שראו את האסון שהתרחש. היינו מזילים דמעות, דמעות כמים נגרו. גם בלילות לא שכבנו, לא ידענו שינה. ראינו חלומות מבועתים כאלה, במשך שישה חודשים. יותר מתשע מאות ושישי תיקים שבעליהם מתו מיתה אכזרית כל כך… אני הכרתי אישית כמה מן הבחורים שנהרגו, ולמדתי באלו נסיבות נהרגו".
